میکروبیولوژی و شاخه میکروبیولوژی محیط از اهمیت ویژه ای در مهندسی بهداشت محیط برخوردا است . میکروبیولوژی محیط بطور

کلی در سه سر فصل مهم در مهندسی بهداشت محیط بررسی می شود که عبارت است از

آشنایی با موجودات ذره بینی آب و فاضلاب

شناخت انواع میکروارگانیسم های بیماریزا و مزاحم

شناخت اصول و مبانی میکروبیولوژی کاربردی

برخی از سرفصل هایی که استفاده شده عبارت است از

Environmental Microbiology

Organization of Ecosystems

Energy and Nutritional Flow in Ecosystems

The Natural Recycling of Bioelements

 Cycles in the Hydrosphere

Classification of Microorganisms ( طبقه بندی میکرو ارگانیسم ها )

طبقه بندی میکروارگانیسم ها از نظر نیازهای تغذیه ای و انرژی

طبقه بندی میکروارگانیسم ها از نظر تحمل دمای محیط

طبقه بندی میکروارگانیسم ها از نظر نیاز به اکسیژن

میکروارگانیسم های مهم مرتبط با آب و فاضلاب شامل

باکتری ها (Bacteria)

قارچ ها (Fungi)

تک‌یاخته‌ها یا پروتوزوآ(Protozoa)

روتیفرها و نماتدها(Rotifers and Nematodes)

جلبک ها(Algae)

ویروس ها(Viruses)

به همراه طبقه بندی و توضیح

مقدمه‌ای بر تصفیه بیولوژیکی فاضلاب